Microflora

De darm is bevolkt met triljoenen bacteriën, die samen 1 - 1½ kg wegen en als ware een orgaan vormen. De darmbacteriën produceren vitaminen, maken giftige stoffen onschadelijk en vormen een onmisbare barrière tegen de buitenwereld. Een goede darmflora speelt een essentiële rol in onze gezondheid en immuniteit. Darmbacteriën voeden zich met plantvezels en zetten deze om in zogenaamde korte keten vetzuren en creëren op die wijze de juiste zuurtegraad en een milieu waarin gunstige bacteriën groeien. Een analyse van de ontlasting kan een indruk geven van de samenstelling van de bacteriën die in de darm aanwezig zijn. Men kan bij gespecialiseerde laboratoria een darmflora-analyse laten maken. De aantallen van de bacteriën en eventueel aanwezige gisten en schimmels worden vastgesteld. Analyses van de ontlasting geven ook informatie over de zuurgraad, de vertering van voedsel en de aanwezigheid stoffen die op een darmontsteking duiden.

De analyse van gunstige darmbacteriën in de ontlasting
Een ontlastinganalyse vermeldt de soorten bacteriën die in het laatste stuk van de dikke darm leven. De darmflora bevat twee groepen bacteriën:

• Eén groep die zuurstof verdraagt (aëroob). De aantallen van de aërobe, zuurstoflievende bacteriën,  Escherichia coli en Enterococcus familie, liggen rond een miljoen, 1·10⁶ bacteriën per gram ontlasting. Lactobacillen worden zowel bij de aërobe als anaërobe ingedeeld en zijn ook in de dunne darm aanwezig.
• Eén groep die zonder zuurstof leeft (anaëroob). Bacteroïden, Clostridia en Bifidobacterium spp. sterven af door contact met de lucht. Deze groep vormt meer dan 99,9% van de bacteriën in de darm, en is aanwezig in hoeveelheden van 1·10⁹ tot 1·10¹¹ per gram ontlasting.

Aërobe bacteriën (leven met zuurstof)
Escherichia coli is een gunstige darmbacterie die behoort tot de familie Enterobacteriaceae. E. coli’s maken met als andere gunstige bacteriën antibacteriële bacteriocines, kleine eiwiten die andere soorten afremmen. Er zijn ook schadelijke coli-varianten die darminfecties en blaasontstekingen kunnen veroorzaken. Een coli-infectie kun je oplopen door contact met besmet water en voedsel.
Tot de zelfde Enterobacteriaceae familie behoren ook de potentieel schadelijke bacteriesoorten zoals Salmonella, Shigella en Klebsiella. Deze bacteriën zijn in zeer kleine hoeveelheden aanwezig. Een daling van E.coli gaat regelmatig gepaard met een toename van de schadelijke soorten.
Enterococcen spp. behoren tot de streptokokkengroep en zijn aanwezig in aarde, water en in de darm. Zij zijn gunstig voor de darm, maken natuurlijke antibiotica, remmen Salmonella-infecties af en houden immuuncellen alert. Een overdaad aan Enterococcus faecalis kan infecties veroorzaken die niet goed op antibiotica reageren. Zij infecteren vooral de mondholte, tandwortels of neusholte, maar veroorzaken ook infectie van de urinewegen.
Lactobacillen spp. zijn overal in het verteringskanaal aanwezig, ook de dunne darm is rijk aan eze bacteriën. Er zijn naast de bekende Lactobacillus acidophilus nog dertig verschillende soorten. Toediening van lactobacillen remmen groei van Giardia lamblia en kunnen bij infectie als probioticakuur worden gebruikt. Lactobacillen worden industrieel aan voedsel toegevoegd omdat hun bacteriocines voedselbederf voorkomen

Anaërobe bacteriën (leven zonder zuurstof)
Meer dan 99,9% van de darmbacteriën is anaëroob; zij verliezen hun vitaliteit door contact met de lucht, sterven in grote hoeveelheden af en bereiken het laboratorium niet. Men verkrijgt alleen de juiste waarden van de aantallen van Bacteroïden spp., Bifidobacteriën spp. en Clostridia spp. door toepassing van specifieke DNA-analyses.
Bacteroïden soorten, komen voor in aantallen van 10 miljard per gram ontlasting. Zij hebben vezelrijke voeding en vitamine B5 nodig voor hun groei.
Clostrida soorten. Deze bacteriën komen wat aantallen betreft op de tweede plaats.  De bacterie Clostridium difficile is een sporenvormende bacterie die bij verstoring van de normale flora diarree kan veroorzaken. Clostridium difficile produceert twee toxinen, enterotoxine en cytotoxine; diarree wordt vooral veroorzaakt door enterotoxine3. Deze toxines kunnen in het laboratorium worden gemeten.
Bifidobacterium groep bestaat uit een 50-tal soorten, zoals Bifidobacterium longum en Bifidobacterium bifidum. Samen met bacteroïden produceren zij boterzuur.
Helicobacter pylori
Helicobacter pylori is een bacterie die aanwezig kan zijn in het slijmvlies van de maag of dunne darm. Een toename van Helicobacter pylori kan een maagzweren veroorzaken. Deze bacterie kan worden aangetoond via ontlastingsonderzoek.  Fecesdiagnostiek wordt steeds vaker toegepast om deze bacterie op te sporen, door een grotere betrouwbaarheid dan bloedonderzoek. Helicobacter-infecties van de maag verhogen de kans op maagkanker; jaarlijks zijn er wereldwijd 750.000 nieuwe gevallen en sterven aan deze ziekte.

Gisten en schimmels.
Gist omvat meer dan 700 verschillende soorten micro-organismen. Candida-soorten behoren tot de eencelligen, die overal in de natuur voorkomen; zij zijn aanwezig in de grond en in het water, groeien op fruit en planten en ook op menselijk weefsel.
Gisten onderscheiden zich van bacteriën door een celkern, ook zijn zij veel groter. Gisten kunnen glucose omzetten in alcohol en koolzuurgas. Gist wordt bij de dranken gebruikt vanwege het vermogen alcohol te vormen. Candida spp. behoren niet tot de schimmels, toch is de term `Candida infectie´  min of meer synoniem geworden voor een schimmelinfectie (de  term gistinfectie kennen wij niet - in het Engels: Yeast infection).
Het meest voorkomende type gist is C.albicans.  Tal van andere gisten zoals Candida parapsilosis, Geotrichum spp en Rhodotorula rubra een gist dat men vaak op vruchtensalades aantreft, komen voor in de dikke darm.